Íntegramente financiado por los promotores, el Inrap es un organismo público de investigación bajo la tutela de los ministerios de la Cultura, de la Comunicación y de la Investigación.
En el ámbito del Ministerio de Cultura, actúa en estrecha relación con la dirección de Arquitectura y del Patrimonio, el Consejo nacional de investigación arqueológica, las comisiones interregionales de investigación arqueológica y los servicios regionales de arqueología. Participan al consejo de administración, además de los representantes del Estado, representantes de organismos de investigación, colectividades territoriales y promotores así como personal calificado en el campo de la arqueología.
La actividad de investigación se conduce bajo la égida de un consejo científico que asocia los ministerios de tutela y los miembros de la comunidad arqueológica: CNRS, universidades y servicios arqueológicos de las colectividades territoriales.
Para la realización de diagnósticos y excavaciones, el Inrap trabaja todos los años con más de 700 colaboradores públicos y privados. Se trata sobre todo de promotores inmobiliarios, sociedades de autopistas, compañías de explotación de canteras, consejos regionales, consejos generales, municipios, ciudades, empresas públicas, oficinas HLM…