Le site ayant conservé les traces parfois importantes des nombreux édifices qui se sont succédés au même emplacement, il a suscité l'intérêt des spécialistes et motivé la réalisation d'un ambitieux projet de restauration et de mise en valeur.

Sur les fondations d'une construction antique s'est élevée une première église, témoin de la christianisation du terroir à la fin de l'Antiquité (VIe siècle). Une étude anthropologique a été réalisée sur les tombes sous tuiles mises au jour.

De l'époque carolingienne (IX-Xe siècles), demeurent visibles les murs de l'abside, conservés sur deux mètres de hauteur et la base d'un autel, vestiges particulièrement précieux pour ces périodes mal connues.

Ces trois premiers bâtiments sont englobés au XIe siècle dans un édifice plus vaste, un des rares exemples provençaux d'église à cryptes du premier âge roman. Tous ces vestiges ont été préservés sous le sol de l'église du deuxième âge roman, construite au XIIe siècle. C'est autour de cette dernière église, fortifiée au début du XIVe siècle et agrandie au XVIIe siècle, que s'est organisé l'ancien village de Saint-Raphaël.