À la fin du XII^e siècle, sous le règne de Philippe Auguste, l'abbé de Sainte-Corneille, Richard,  donne à l'ordre du Temple un terrain appartenant à son abbaye. C'est un vaste quadrilatère, avec échauguettes (poste de guet), pont-levis et fossés, ceignant une cour au centre de laquelle s'éleve la chapelle Saint Jean-Baptiste. En 1307, Philippe le Bel met brutalement fin à l'ordre du Temple et obtient son abolition en 1311, au profit des hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem, autrement dénommé l'ordre de Malte. Celui-ci conserve, jusqu'à la Révolution, les bâtiments qui seront partiellement frappés d'alignement lors de l'agrandissement de la rue Notre-Dame, qui suit la construction du pont neuf, sous Louis XV, de 1730 à 1733. Vendu comme bien national, les derniers bâtiments sont démolis en 1822.

La fouille a permis la mise au jour de vestiges situés au sud du territoire de la commanderie : une cave, quatre cuves boisées dont la fonction reste énigmatique, des niveaux de circulation alternant avec des remblais de construction montrant les modifications et les réfections de bâtiments, et plusieurs puits. Une coupe stratigraphique, d'environ 3 m de haut, permet d'en suivre l'histoire du XII^e au XIX^e siècle.
En marge de la commanderie proprement dite, la fouille d'un tronçon de la rue Eugène-Floquet a permis de démontrer que la création de la rue remontait au XII^e siècle.

Céramiques, verreries, statuettes en terre cuite et en pierre, épingles en bronze, monnaies, mais aussi perles, qui pourraient être majoritairement des perles de chapelet, ont été découvertes lors de la fouille. De nombreux enduits-peints ont été trouvés dans le comblement d'une cave. Enfin, les multiples restes de faune collectés fourniront une meilleure connaissance de l'alimentation de la population de la Compiègne médiévale.