De nombreux  aménagements ont été reconnus dans les cours, surtout à l'est où les réseaux d'adduction d'eau, d'évacuation des eaux usées et les installations sanitaires sont particulièrement bien représentés. Les eaux pluviales et une partie des eaux usées sont dirigées vers de nombreux puits perdus, bâtis en pierres sèches. Ils sont souvent associés à des caniveaux de surface. Les installations sanitaires sont également importantes : sept fosses d'aisances ont été reconnues, leur datation s'étale du XVIII^e siècle au milieu du XX^e siècle. L'une d'elle fournit un abondant mobilier : céramique, verre et faune datant du XVIII^e siècle. Avant l'arrivée de l'adduction d'eau de ville, l'alimentation est assurée par un puits partiellement inclus sous un bâtiment, puis au XIX^e siècle, par une vaste citerne. Les espaces de circulation extérieurs sont souvent soignés : sol de galets, allées de pavés et aire dallée de briques posées sur chant, délimitées par des bordures en pierre de taille. 

Au sud des bâtiments s'étendent deux jardins, primitivement séparés par un mur de clôture. D'une surface d'environ 1 750 m², le cimetière est entièrement clos de murs. La densité des sépultures est forte et l'orientation, tant est ouest que nord sud, ainsi que de nombreux recoupements, laissent pressentir une saturation du cimetière. Seules les tombes situées en périphérie respectent l'organisation du bâti en lui étant toujours perpendiculaires.
Les presque 500 sépultures fouillées ont permis de recueillir des informations touchant plusieurs domaines :
- les pratiques funéraires des protestants au XVIIIe siècle ; la période d’utilisation du cimetière, de 1765 à 1792, est alors encore sous l’effet de la révocation de l’édit de Nantes. Il s’agit peut-être du seul cimetière protestant reconnu et toléré en France durant cette période.
- l’activité de l’hôpital (soins, actes de chirurgie…), grâce à la découverte d’appareils médicaux, tels que des bandages herniaires ou des indices d’autopsie sur un jeune adolescent dont le crâne a été scié (traces de scalp…).

Parallèlement, l’étude biologique des squelettes va permettre de caractériser la population accueillie par l’hôpital et inhumée dans son cimetière. Ce sont majoritairement des individus âgés dont l’état sanitaire est médiocre et qui présentent des pathologies souvent invalidantes. Il existe par ailleurs une proportion intéressante de fœtus et de bébés parfois inhumés avec un adulte (très probablement leur mère).

Fait probablement unique au XVIII^e siècle, la fondation de l'hospice protestant de La Rochelle, si elle fut discrète pour ne pas incommoder les autorités religieuses, ne put se faire qu'avec l'approbation du pouvoir civil. Les documents d'archives sont éloquents et plus particulièrement les actes notariés qui indiquent clairement que les biens acquis sont destinés à l'accueil des pauvres et des malades de la communauté protestante afin de les soustraire au prosélytisme pratiqué par les religieux des autres hôpitaux. La population inhumée dans le cimetière peut être appréhendée grâce aux registres des sépultures, partiellement conservés.
Dans ce contexte bien précis, les données archéologiques, parfois peu explicites, prennent une nouvelle dimension. La profusion d'installations sanitaires, les rares fragments de pots à pharmacie et les éventuels instruments chirurgicaux sont les uniques témoins de la vie matérielle de l'hôpital. Parallèlement, les pratiques chirurgicales observées sur certains inhumés ainsi qu'une population âgée présentant de nombreuses pathologies, montrent que nous sommes en présence d'un recrutement particulier. Son étude devrait mettre en évidence qu'il est représentatif d'un cimetière d'hôpital de cette époque et ainsi constituer un référentiel.