C’est sur la colline du Panier que les premiers habitants de la colonie grecque sont venus s’installer, six siècles avant notre ère. Mais dans l’enceinte de l’Hôtel-Dieu, le diagnostic archéologique, mené par l’Inrap en 2008, a montré que la succession des constructions modernes avait en grande partie fait disparaître les traces d’occupations antérieures. Seuls les jardins, situés en bas de pente, ont conservé des vestiges archéologiques relativement denses. Ici s’installe la confrérie du Saint-Esprit à la fin du XII^e siècle. Elle est à l’origine de l’émanation du pouvoir municipal, et joue un rôle politique prépondérant à Marseille durant tout le Moyen Âge.
L’Hôpital du Saint-Esprit, reconstruit à plusieurs reprises, cède la place à l’Hôtel-Dieu dans sa configuration actuelle, au XVIII^e siècle. Les anciens bâtiments seront démolis à la fin du XIX^e siècle avec la création des jardins.
L’église du Saint-Esprit a été retrouvée et dégagée dans sa quasi-totalité. Elle mesure 9 mètres de large et 28 de long, soit avec les chapelles quelques 300 m². Les parties hautes ayant bien entendu disparu, ce sont les fondations, caveaux et cryptes qui ont été mis au jour, témoignant du remaniement important de l’édifice au début du XVII^e siècle. Le sous-sol de l’église conserve des vestiges antérieurs, notamment médiévaux. Mais la découverte majeure est la présence de sols romains bien conservés réutilisés au XVII^e et XVIII^e s. comme sols des cryptes.