Héritier de l'Association pour les fouilles archéologiques nationales créée en 1973, l'Inrap bénéficie d'une expérience de près de trente ans. Il rassemble près de 50 % des archéologues œuvrant sur le territoire français et compte de nombreux chercheurs de haut niveau dont près de 100 docteurs et environ 300 titulaires d'un DEA ou d'un DESS.

La diversité de ses équipes lui permet de déployer tout le spectre des compétences de la recherche archéologique moderne. L'institut compte des spécialistes de chaque période – Paléolithique, Mésolithique, Néolithique, âges du Bronze et du Fer, Antiquité, Moyen Âge, Temps modernes, époque contemporaine –, mais aussi des géo-archéologues (étude de l'histoire des sols), sédimentologues, anthropologues, palynologues (étude des pollens), carpologues (étude des graines), anthracologues (étude des charbons de bois), archéozoologues, malacologues (étude des mollusques), céramologues, numismates (études des monnaies), topographes et des spécialistes de l'histoire du climat et du paysage (paléoenvironnement). Ces chercheurs s'appuient sur les technologies les plus en pointe (datation au carbone 14, thermoluminescence, dendrochronologie…).