L'Inrap collabore avec l'ensemble de la communauté archéologique. 250 de ses chercheurs sont présents dans les unités mixtes de recherche ou les laboratoires du CNRS. L'Inrap est partenaire des UFR d'archéologie de Dijon, Toulouse II, Nanterre (Paris X), Tours, Lille III, Nantes, Paris I, Strasbourg II, Montpellier III, de la Maison des sciences de l'Homme et du Collège de France. Son activité s'appuie aussi sur les travaux du Bureau de la recherche géologique et minière, du Centre de recherche et de restauration des musées de France et du Laboratoire de recherche des monuments historiques. Enfin, l'Inrap a conclu de nombreuses conventions de partenariat avec les services archéologiques des collectivités territoriales.