L'Inrap agit en étroite relation avec la communauté scientifique internationale. Il est membre de l'Europeae Archaeologiae Consilium qui regroupe l'ensemble des services archéologiques publics d'Europe et de l'European Association of Archaeologists. Il est l'un des fondateurs du projet européen Planarch, associant la direction interrégionale Nord–Picardie aux services archéologiques des pays limitrophes (Allemagne, Belgique, Pays-Bas, Royaume-Uni). Il mène des actions de coopération internationale avec l'Algérie, l'Irak, la Mauritanie et le Cambodge, en particulier par la formation des archéologues préventifs. En outre, ses chercheurs interviennent au sein d'équipes archéologiques au Bengladesh, Liban, Mali, Maroc, Myanmar, Sultanat d'Oman, à Djibouti, Chypre, en Albanie, Arménie, Bulgarie, Chine, Égypte, Italie, Mongolie, Palestine, Roumanie, Syrie, Tunisie, Ukraine.