Entièrement financé par les aménageurs, l'Inrap est un établissement public de recherche placé sous la tutelle des ministères de la Culture et de la Communication et de la Recherche. Au sein du ministère de la Culture, il agit en étroite relation avec la direction de l'Architecture et du Patrimoine, le Conseil national de la recherche archéologique, les commissions interrégionales de la recherche archéologique et les services régionaux de l'Archéologie.
À son conseil d'administration participent, outre les représentants de l'État, des représentants des organismes de recherche, des collectivités territoriales et des aménageurs et des personnels qualifiés dans le domaine de l'archéologie.
Son activité de recherche est conduite sous l'égide d'un conseil scientifique associant les ministères de tutelle et des membres de la communauté archéologique : CNRS, universités et services archéologiques des collectivités territoriales.