Depuis la loi du 1er août 2003, les opérations d'archéologie préventive sont financées selon deux modes qui ont une nature et obéissent à des modalités différentes :

Premièrement, la redevance d'archéologie préventive (RAP) est due par toute personne projetant des travaux d'aménagement affectant le sous-sol et soumis à certaines déclarations ou autorisations en application notamment du code de l'urbanisme ou du code de l'environnement, à compter d'un certain seuil lié à la nature du projet :
- si le projet est soumis à autorisation ou déclaration au titre du code de l'urbanisme : le seuil est de 1 000 m² de SHON des travaux de construction ;
- pour les autres projets (installations classées telles que carrières, grands linéaires,...) : le seuil demeure 3 000 m² de superficie du terrain (unité foncière)

La redevance, qui a un caractère fiscal, est mise en œuvre en fonction de l'un des faits générateurs déterminés par la loi en fonction de la nature de l'aménagement considéré (par exemple la délivrance du permis de construire).
L'assiette et le taux qui permettent de calculer son montant varient également selon la nature du projet, soit :
- si le projet est soumis à autorisation ou déclaration au titre du code de l'urbanisme : la SHON est multipliée par une valeur au m² variable selon la catégorie d'immeuble (déterminée par référence à la taxe locale d'équipement ou TLE), multipliée par 0,5% (depuis le 1/01/2010) ;
- pour les autres projets (installations classées telles que carrières, grands linéaires,...) : l'unité foncière du projet d'aménagement est multipliée par 0,49 € euros/m² (valeur 2010 fixée par arrêté du 22 juillet 2010 portant fixation du taux de la redevance d’archéologie préventive, pour la période du 1er août 2010 au 31 juillet 2011, réévaluée chaque année) indexé sur le coût de la construction.
La RAP est calculée, selon la catégorie du projet d'aménagement, soit par la DDE ou la mairie soit par la DRAC, et elle est perçue par la Trésorerie générale compétente territorialement. L'Inrap n'intervient pas dans le processus de calcul et de perception de la redevance, mais le produit de celle-ci –sous réserve de certaines déductions tels que des frais de gestion- est reversé par le Trésor soit à l'Inrap soit aux collectivités territoriales qui ont décidé de réaliser les diagnostics prescrits sur leur territoire pendant au moins 3 ans.
En outre, une partie du produit de la redevance fixée annuellement par arrêté interministériel -qui ne peut être inférieure à 30 %- est affectée au Fonds national pour l'archéologie préventive (FNAP). Ce Fonds a pour objet de financer les subventions accordées par l'Etat aux aménageurs soumis à prescription de fouilles en application de critères définis par une commission ad hoc, et les prises en charge du coût des fouilles prévues dans le cas de constructions de logements locatifs aidés, de logements réalisés par une personne physique pour elle-même y compris dans le cadre d'un lotissement et d'une ZAC.

Deuxièmement, le prix des fouilles : il s'agit de la rémunération versée par l'aménageur et perçue directement par l'opérateur (Inrap, service archéologique territoriale agréé ou toute autre personne agréée par l'Etat) en contrepartie des fouilles qu'il réalise.

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