Un contrat ou un marché de réalisation des (ou de la) fouille(s), qui définit le projet scientifique d'intervention et les conditions de sa mise en œuvre, est signé entre l'aménageur et l'opérateur.

Le projet scientifique d'intervention détermine les modalités de la réalisation de la prescription, notamment les méthodes et techniques employées et les moyens humains et matériels prévus. Il est établi par l'opérateur sur la base du cahier des charges scientifique.

Le contrat précise :
- la date prévisionnelle de début de l'opération de fouilles, sa durée et le prix de réalisation des fouilles ;
- les conditions et délais de la mise à disposition du terrain par l'aménageur et de l'intervention de l'opérateur ;
- les indemnités dues par l'une ou l'autre partie en cas de dépassement des délais convenus ;
- la date de remise du rapport final d'opération.

Et si l'aménageur est une personne publique soumise au code des marchés publics, le contrat contient en outre les mentions obligatoires prévues par ledit code.