L'Afan grandit vite. En 1985, son budget atteint 30 millions de francs et elle emploie près de 300 personnes. L'État lui confie les fouilles du chantier du Grand Louvre (1982), longtemps considéré comme la première grande opération d'archéologie préventive, la gestion des fouilles programmées du mont Beuvray et l'organisation de l'année de l'archéologie en 1989.

La multiplication des chantiers conduit à des recrutements désordonnés de personnels, souvent en statut précaire. En 1990, le ministère de la Culture engage une refonte des statuts de l'Afan qui aboutit à un accord d'entreprise signé par tous les syndicats en 1993.