La crise s'apaise avec la promulgation de la loi du 1^er août 2003 qui réaffirme la légitimité de l'archéologie préventive et l'existence de l'Inrap. L'État reste au cœur du dispositif via les services régionaux de l'Archéologie qui prescrivent les fouilles et les diagnostics, en définissent les objectifs scientifiques, désignent le responsable scientifique et contrôlent le bon déroulement des recherches. Le nouveau système de financement comprend la création d'une taxe (Rap) exigible pour tous les aménagements supérieurs à 3 000 m². Un Fonds national d'archéologie préventive (Fnap) est créé afin de subventionner les aménageurs dont le projet pourrait être compromis par le coût des fouilles.
Les diagnostics restent une prérogative publique et sont réalisés soit par l'Inrap, soit par un service agréé d'une collectivité locale. S'agissant des fouilles, la loi prévoit une ouverture à la concurrence (opérateurs publics et privés agréés) soumise à un contrôle de l'État.

Le nouveau mode de calcul de la redevance est cependant contesté quelques mois plus tard. Il fait en effet supporter à certains aménageurs un montant de redevance disproportionné par rapport au coût de l'aménagement envisagé. Le dispositif sera révisé par l'article 17 de la loi du 9 août 2004. Désormais, pour les seuls projets d'aménagement soumis à autorisation préalable en application du code de l'urbanisme, l'assise de la redevance porte sur la surface hors œuvre nette (Shon)⁽⁴⁾ de l'aménagement et non plus sur la totalité de la surface du terrain concerné.