Le Conseil scientifique est composé de 18 membres, appartenant à la communauté scientifique de la recherche archéologique :

• le président de l’Inrap ;
  
  
• le vice-président du Conseil national de la recherche archéologique ;
  
  
• 7 personnes élues au sein de chacune des catégories suivantes de personnels exerçant des fonctions scientifiques dans le domaine de l'archéologie :
- 2 parmi les les personnels d'enseignement et de recherche exerçant leurs fonctions dans les établissements d'enseignement supérieur ;
- 2 parmi les personnels de recherche exerçant leurs fonctions dans les établissements de recherche ;
- 2 parmi les personnels exerçant leurs fonctions dans les services d'administration centrale ou déconcentrés chargés de l'archéologie ;
- 1 parmi les personnels des collectivités territoriales exerçant leurs fonctions dans un service d'archéologie relevant d'une collectivité territoriale ;


• 4 membres choisis en raison de leurs compétences dans le domaine de l'archéologie préventive :
  - 2 désignés par le ministre chargé de la Culture ;
  - 2 désignés par le ministre chargé de la Recherche ;
  
  
• 5 membres élus par les agents de l'établissement appartenant à la filière scientifique et technique.

À côté des membres titulaires, un nombre égal de membres suppléants élus est prévu. Un membre suppléant assiste au conseil en cas de défection du membre titulaire.