La procédure des projets d'activité scientifique (PAS) résulte de la volonté de permettre aux agents de l'Inrap de jouer leur rôle de scientifiques aux côtés de leurs collègues membres d'autres institutions. Elle consiste à allouer des moyens en jours/homme à des projets d'actions collectives de recherche (ACR), de programmes collectifs de recherche (PCR), de publications hors cadre ou dans le cadre des aides à la préparation de publication (APP), de fouilles programmées, de programmes de recherche développés au sein des UMR et à la participation aux bilans archéologiques régionaux… Une partie des moyens est également consacrée aux projets déposés dans le cadre des enquêtes nationales et des axes de recherche collective de l'Inrap. Les projets sont évalués par le conseil scientifique sur avis des adjoints scientifiques et techniques (AST).

Le budget pour 2009 était d'environ 17 500 j/h destiné aux actions scientifiques, soit 6,2 % du budget des axes opérationnels de l'Inrap. Il faut  rappeler que ce budget n'ayant pas évolué depuis plusieurs années, sa part, proportionnellement au budget opérationnel, est en forte diminution (voir graphique ci-dessous).

Cette situation conduit à réduire les moyens accordés à de nouveaux projets (moins du tiers du budget actuel), ce qui risque de démotiver les agents puisque 70 % des projets nouveaux sont refusés pour raisons budgétaires. Une augmentation du budget Recherche est donc souhaitable mais est dépendante d'une revalorisation de la redevance d'archéologie préventive (RAP) qui finance également la part destinée aux diagnostics et celle permettant d'abonder le fonds national pour l'archéologie préventive (FNAP).