Depuis 2007, le décret relatif au Conseil national et aux commissions interrégionales de la recherche archéologique institue officiellement la participation des agents de la filière scientifique et technique de l'Inrap aux commissions interrégionales de la recherche archéologique (CIRA) et au Conseil national de la recherche archéologique (CNRA) après avis du conseil scientifique de l'établissement.

Sept agents font désormais partie des CIRA ; il s'agit de :

CENTRE EST	Auvergne, Rhône-Alpes (Lyon)	Anne AUGEREAU (Néolithique)
CENTRE NORD	Centre, Ile-de-France, Nord-Pas-de-Calais, Picardie (Orléans)	Grégoire AYALA (Antiquité)
OUEST	Bretagne, Basse-Normandie, Haute-Normandie, Pays de la Loire (Rennes)	Jean-Charles ARRAMOND (Antiquité)
EST	Alsace, Bourgogne, Champagne-Ardenne, Franche-Comté, Lorraine (Dijon)	Frédérique BLAIZOT (Anthropologie)
SUD EST	Corse, Languedoc- Roussillon, Provence-Alpes-Côte d'Azur (Aix)	Françoise BOSTYN (Néolithique)
SUD OUEST	Aquitaine, Limousin, Midi-Pyrénées, Poitou-Charentes (Bordeaux)	Laurence BOURGUIGNON (Paléolithique)
OUTRE-MER	Guadeloupe, Guyane, Martinique, Réunion	Gilles BELLAN (archéologie coloniale)

Au CNRA, Françoise Bostyn a été élue par la CIRA Sud-Est. Le 9 juillet 2008, le conseil scientifique de l'établissement s'est prononcé favorablement pour la participation de Laurence Bourguignon et François Malrain au nouveau CNRA.

On soulignera, au sujet des CIRA, le caractère incomplet et hétérogène de la transmission des procès-verbaux de ces instances et de leurs avis, tant aux agents concernés qu'à leur hiérarchie ; rapports pourtant d'une grande importance pour évaluer notre action et l'améliorer.

Il est à regretter également que le président de l'Inrap, « choisi parmi les personnalités ayant une compétence dans le domaine de l'archéologie » (art. 6 du décret 2002-90 portant statut de l'Inrap), ne soit plus membre de droit du CNRA mais seulement membre invité. Il en est de même pour la commission des fouilles du Ministère des affaires étrangères.