La nécropole est implantée sur une large terrasse bordée au nord-est par le marais de la Versoie et entaillée au sud-ouest par le cours encaissé du Pamphiot, un petit affluent du Léman. 220 sépultures ont pu être relevées sur l'emprise du chantier, parmi  lesquelles 132 cistes (coffres en pierres) et 88 coffres en bois.

Hormis la nécropole néolithique, le site de Genevray a livré de nombreuses structures (foyers domestiques, foyer, trous de poteau) qui témoignent d'une occupation au Bronze final (1000-800 avant J.-C.), mais également d'une présence de l'homme à des périodes plus tardives. Deux fosses à crémation localisées au sud de l'emprise sont ainsi attribuées au I^er s. après J.-C. Des fossés et des fosses d'épierrement appartiennent quant à eux à des époques plus récentes.

Une nécropole de type Chamblandes
Le type Chamblandes constitue une entité encore mal définie du Néolithique moyen. Il se distingue par l'emploi de cistes et de coffres en bois, dans lesquels un ou plusieurs défunts sont disposés invariablement en position fléchie, le plus souvent sur le côté gauche. La pratique semble être systématique dans une région reliant principalement le bassin lémanique, la région du Valais, le Val-d'Aoste, la vallée de l'Orco, la haute vallée du Rhône, la Haute-Maurienne et la Tarentaise.  Le site de Genevray comporte la nécropole la plus importante et la plus complète de ce type connue à ce jour.
 
Les sépultures
Les coffres, qu'ils soient en pierre ou en bois, présentent, le plus souvent, le même schéma architectural : les deux parois latérales prennent appui sur les parois de tête et de pieds plus ou moins parallèles. On observe par ailleurs une similitude dans la position des défunts à l'intérieur des deux types de tombes. En revanche, plusieurs divergences apparaissent dans l'implantation et dans l'utilisation de ces coffres. Ainsi, les coffres en bois suivent une orientation plus homogène que les cistes.

On relève également une sectorisation des deux types de coffres dans l'espace couvert par la nécropole. Enfin, les cistes peuvent contenir les restes de 1 à 10 défunts, alors que les coffres en bois en contiennent rarement plus d'un (le nombre des défunts se limite alors à deux). Il s'ensuit une variabilité des pratiques funéraires nettement plus prononcée dans les cistes que dans les coffres en bois.

Le mobilier funéraire
Peu de défunts apparaissent accompagnés d'objet(s) sur le site de Genevray. Parmi 76 sépultures fouillées, on ne compte en effet que 19 sépultures concernées, parmi lesquelles 18 cistes. Les objets se présentent sous la forme d'éléments de parure, ainsi des bracelets, des boutons de type Glis (en bas à gauche), des perles qui
semblent le plus souvent être associées à des colliers, ou encore des pendeloques.